Södertörns brandförsvarsförbund bildades 1993 och Nynäshamns kommun är tillsammans med nio andra kommuner medlemmar i förbundet. Kommunen har 2018 erlagt 19,5 (19,1) miljoner kronor i medlemsavgifter till brandförsvarsförbundet.

År 2008 slog kommunerna Haninge, Nynäshamn och Tyresö ihop sin miljö- och hälsoskyddstillsyn och bildade Södertörns miljö- och hälsoskyddsförbund. Förbundets uppdrag är att bedriva den tillsyn som kommunerna är skyldiga att utföra enligt miljöbalken, livsmedelslagen och angränsande lagar, förordningar och föreskrifter. Nynäshamn har en medlemsandel på 17,9 procent, Haninge 52,5 procent samt Tyresö 29,6 procent. Nynäshamns kommun har 2018 erlagt 2,4 (2,3) miljoner kronor i medlemsavgifter till miljö- och hälsoskyddsförbundet. De senaste åren har förbundet arbetat med att inventera enskilda avlopp. Arbete med tillsyn över förorenade områden har påbörjats. Under 2018 har mycket tid lagts på remisshantering.

I varje kommun ska det finnas en överförmyndare eller en överförmyndarnämnd. Nynäshamns kommun har i samverkan med Botkyrka, Huddinge, Haninge och Tyresö en gemensam nämnd, Södertörns överförmyndarnämnd. Nämndens huvuduppgift är att utöva tillsyn och kontroll över förmyndarskap, godmanskap och förvaltarskap. Nynäshamns kommun har 2018 erlagt 2,6 (2,8) miljoner kronor i medlemsavgifter till Södertörns överförmyndarnämnd.

Nynäshamns kommun har tillsammans med Haninge kommun bildat Södertörns upphandlingsnämnd. Upphandlingsnämnden ansvarar för all upphandling som rör Nynäshamn och Haninge kommun. Nynäshamns kommun har 2018 erlagt 6,2 (6,3) miljoner kronor i medlemsavgifter till Södertörns upphandlingsnämnd.

Nynäshamns kommun är som organisation medlem i ett antal branschföreningar som till exempel Sveriges kommuner och landsting (SKL), kommuner i Stockholms län (StorSthlm).